基本原理是在挑選優良純培養物并使其處于休眠狀態基礎上，人為地創造一個有利于休眠的環境，使其長期保存后仍能保持菌種原有的優良特性。基本措施是低溫、真空、干燥。
保藏方法：
1、定期移植法
亦稱傳代培養保藏法，指將菌種接種于適宜的斜面培養基上，最適條件下培養，完成培養于4～6℃進行保存并間隔一定時間（3-6個月）進行移植培養的一種短期菌種保藏方法。
2、液體石蠟法
指將菌種接種在適宜的斜面培養基上，最適條件下培養好后注入滅菌的液體石蠟，使其覆蓋整個斜面，再直立放置于低溫（4～6℃）干燥處進行保存的一種菌種保藏方法。
3、真空冷凍干燥法
指將保藏的菌種細胞或孢子懸浮于保護劑中，經預凍后在真空條件下使水分升華，再經真空封存后保存的一種長期菌種保存方法。
4、-80℃低溫凍結法
將菌種懸浮于保護劑中，在－80℃冰箱中凍結保存的一種長期菌種保藏方法。
5、液氮超低溫凍結法
指懸浮于保護劑中的菌種經程控降溫后，移置于－196℃的液氮或－150℃左右的液氮氣相中保存的一種長期菌種保藏方法。
